Ryuko Matoi si trasferisce all'accademia Honnouji, un liceo dominato dal suo temibile consiglio studentesco, che indossa potenti ultradivise in grado di dotarlo di poteri sovrumani. In cerca di indizi sull'omicidio di suo padre, Ryuko affronta la presidente del consiglio studentesco, Satsuki Kiryuin, dicendole che sta cercando il proprietario dell'altra metà di un grosso paio di forbici in suo possesso.