D'Akira à Chihiro, les nouvelles icônes de la jeunesse mondiale sont « made in Japan ». Nombre d'entre elles sont nées dans le secret du mythique studio Ghibli. C'est l'un des lieux les plus secrets du Japon. Il a été fondé en 1985 par le producteur Toshio Suzuki et deux génies de l'animation, Isao Takahata et Hayao Miyazaki, dans une démarche quasi militante : ils voulaient faire des dessins animés qui aient du sens et qui parleraient à tous. Pour donner au spectateur les clés de leur monde magique et enchanteur, Ghibli et le mystère Miyazaki fait appel à des « passeurs d'imaginaire » : l'artiste Takashi Murakami, Masao Yokota, psychologue spécialiste des personnages d'animation, Masuo Otsuka, doyen de l'animation japonaise. Le film mêle des images de paysages traditionnels japonais avec les visions personnelles des artistes de Ghibli et de nombreux extraits de films d'animation et de dessins inédits du studio.